Drobní hlodavci: významný faktor v procesu obnovy lesních porostů (2007–2011; NAZV-QH72075; J. Suchomel)
Les a dřevo – podpora funkčně integrovaného lesního hospodářství a využívání dřeva jako obnovitelné suroviny (2005–2011; MSM 6215648902; J. Kulhavý)
Tools for sustainability impact assessment of the forestry-wood chain (2006–2010; ERFORWOOD, 6FP EC; K. Rosén, J. Kulhavý, E Klimo)
Studie transportu vody u stromů – jejich funkční a strukturální architektura (2006–2007; KONTAKT 1-2006-19; J. Čermák)
Testování nových přístrojových metod pro měření kořenových systémů celých stromů (2005–2007; COST E38.002, 1P05OC077; J. Čermák)
Hlavní a podrostní druhy v heterogenních a mnohapatrových lesích: biometrie stromů, jejich architektura a vodní provoz (2004–2005; KONTAKT 1-2006-19; J. Čermák)
Drobní terestričtí savci (Mammalia) ve větších lesních komplexech v intenzivně obhospodařované krajině (2003–2005; GAČR 526/03/P051; J. Suchomel)
Introduction of broadleaf species for sustainable forest management (2002–2005; SUSTMAN; J. Čermák)
Long-term ecosystem plots in the Czech Republic a contribution to European nets (2001–2004; OC E25.001, COST MŠMT ČR; J. Kulhavý)
European network for a long-term forest ecosystem and landscape research programme (2001–2004; COST E 25 ENFORS; F. Andersson, J. Kulhavý)
Evaluation of alternative techniques for determination of water budget components in water-limited, heterogenous land-use systems (2001–2004; WATERUSE; M.L.F.R.Ferreira, J. Čermák)
European network for a long-term forest ecosystem and landscape research programme (2000–2002; COST E 25 ENFORS; F. Andersson, B. Roland, J. Kulhavý, E. Klimo)