Dynamika fosforu v neobhospodařovaných terestrických ekosystémech: Vztahy s cykly dusíku a uhlíku (2017–2019; GAČR 17-15229S; J. Kopáček)
Vliv přirozeného rozpadu horských smrkových porostů na mikroklima (2012–2016; GAČR P504/12/1218; J. Kopáček)
Vlivy slunečního záření na biogeochemické cykly živin a kovů v povrchových vodách (2012–2014; GAČR P503/12/0781; P. Porcal)
Limitující faktory a omezení biologického zotavování z acidifikace: Jaká je budoucnost horských ekosystémů Šumavy? (2007–2011; GAČR 206/07/1200; J. Vrba)
The Assessment of Impact of the Gothenburg Protocol on Acidified and Eutrophied Soils and Waters (2007–2011; EHS/Norway CZ 0051; J. Hruška)
Cyklus živin v horském lesním ekosystému saturovaném dusíkem: minulý, současný a budoucí stav vody, půd a smrkových porostů (2003–2005; GAČR 206/03/1583; J. Kopáček)
Biogeochemické cykly živin v horských ekosystémech povodí–jezero: Antropogenní vlivy a možnosti zotavení (2000–2002; GAČR 206/00/0063; J. Kopáček)
Biodiverzita mikrobiální smyčky, tok uhlíku a koloběh živin v acidifikovaných jezerech na Šumavě: cesty a řídící mechanismy (1997–1999; GAČR 206/97/0072; J. Vrba)