Rašeliniště jsou nejcennějšími a také nejzranitelnějšími biotopy Šumavy. Osobité kouzlo Šumavy a tajuplnost starých šumavských příběhů jsou nerozlučitelně provázány s tímto světem na pomezí souše a vody.
Podobně jako i jinde v lesnaté středoevropské krajině, představují šumavská rašeliniště pozoruhodné reliktní ekosystémy charakteru severské tundry nebo tajgy. Vyskytují se zde v mnoha podobách od typických vyklenutých vrchovišť, sycených pouze srážkovou vodou, po nejrůznější lesní a luční rašeliniště, jež jsou sycena i vodou podzemní. Vrchoviště jsou často obklopena lesními rašeliništi, která mají často charakter podmáčených a rašelinných smrčin nebo rašelinných březin. Tyto porosty jsou biotopy vzácných orchidejí, např. bradáčku srdčitého (Listera cordata) a korálice trojklanné (Corallorhiza trifida). Nelesní ostřicová rašeliniště bývají obvykle menší a mohou být přirozeného výskytu (na prameništích) nebo druhotného původu (vznikla po odlesnění a v důsledku tradičního extenzivního hospodaření). Jsou to lokality s vysokou biodiversitou (rostlin i bezobratlých).
Šumavská rašeliniště s výměrou přes 10 000 ha, coby nejrozsáhlejší středoevropská rašeliniště, byla v roce 1990 zařazena do seznamu chráněných podle Ramsarské konvence.
Více jak 70 % šumavských rašelinišť bylo v minulosti ovlivněno odvodněním v souvislosti s lesnickým či zemědělských hospodařením. Některá rašeliniště byla borkována. V roce 1999 byl v NP Šumava zahájen „Program Revitalizace rašelinišť", který se zaměřuje na nápravu porušeného vodního režimu. Na vybraných odvodněných i neovlivněných rašeliništích je prováděn monitoring s cílem popsat změny, ke nimž dochází v důsledku odvodnění, a hodnotit úspěšnost prováděných revitalizací. Průběžně jsou monitorovány srážkové a odtokové poměry, kolísání hladiny podzemní vody a hydrochemické vlastnosti podzemní vody. Na vybraných lokalitách jsou vytyčeny trvalé plochy pro sledování vegetačních změn.