Holistická charakterizace expozice a potenciálních účinků komplexních směsí chemických látek ve vodním prostředí (2020–2024; GAČR 20-0467X)
Pochopení vlivu kombinovaných stresorů na sladkovodní biotu: Změní klimatická změna dopad chemického znečištění? (2020–2022; GAČR 20-16111S)
„Živá“ voda – komplexní odpověď vodních živočichů na přítomnost psychoaktivních látek z komunálního znečištění (2020–2022; GAČR 20-09951S)
Velké výzkumné infrastruktury: CENAKVA – Jihočeské výzkumné centrum akvakultury a biodiverzity hydrocenóz (2019–2022; MŠMT LM2018099)
MoBI-aqua - Monitoring biologických Invazí na ochranu „akvatické“ druhové rozmanitosti (2018–2020; EFRR)
Výskyt a kritické hodnocení vlivu cizorodých látek na exponované organismy ve vodních ekosystémech a možnosti prevence a eliminace závažných virových onemocnění v chovech ryb (2016–2018; GAJU 012/2016/Z)
Psychoaktivní látky ve vodním prostředí a jejich vliv na exponované organismy (2016–2019; GAČR 16-06498S)
Osud a účinky antropogenních polutantů přítomných v recipientech „vyčištěných“ komunálních odpadních vod – komplexní environmentální studie (2015–2017; GAČR 15-04258S)
Výskyt farmak a dalších polutantů z komunálních odpadních vod v povodí klíčových vodárenských zdrojů ČR (2014–2018; MZe QJ1530120)
Antropogenní tlaky na stav půd, vodní zdroje a vodní ekosystémy v české části mezinárodního povodí Labe (2007–2011; MŽP SP/2e7/229/07)
Vliv endokrinních disruptorů na jelce tlouště (Leuciscus cephalus L.) - modelové studie (2006–2008; GAČR 525/06/P234)
Výzkum a ochrana hydrosféry (2005–2011; MŽP 0002071101)
Populační ekologie terminálních a rezidentních subpopulací invazního druhu raka (2003–2005; GAČR 206/03/0532)
Labe IV (2003–2006; MŽP VaV/650/5/03)
Ochrana a užívání vodních zdrojů v rámci uceleného povodí (1999–2002; MŽP VaV/510/1/99)
Projekt Labe (1995–1998; MŽP MR/5/95)
Labe (1991–1994; MŽP)