Studium procesů v lesních ekosystémech ve vazbě na předpokládanou změnu klimatu (2010–2012; IGA 27/2009; J. Kulhavý)
Expected Climate Change and Options for European Silviculture (ECH-OES) – Belowground carbon allocation in Norway spruce stands (2010–2012; COST EU-FP0703; I. Marková)
Expected Climate Change and Options for European Silviculture (ECH-OES) – Carbon cycle of spruce stands – effects of silviculture as a tool for global change impact mitigation and adaptation (2009–2011; COST EU-FP0703; I. Marková)
Drobní hlodavci: významný faktor v procesu obnovy lesních porostů (2007–2011; NAZV-QH72075; J. Suchomel)
Czech Terra – adaptace uhlíkových deponií v krajině v kontextu globální změny (2007–2011; VaV MŽP; J. Kulhavý)
Hodnocení negativního vlivu degradačních faktorů na půdu a návrh možností jeho omezení – vytvoření podkladů pro plnění požadavků daných návrhem Směrnice na ochranu půdy EU (2007–2009; VaV MŽP; J. Kulhavý)
Les a dřevo – podpora funkčně integrovaného lesního hospodářství a využívání dřeva jako obnovitelné suroviny (2005–2011; MSM 6215648902; J. Kulhavý)
Conforest – The question of conversion of pure secondary Norway spruce forests on sites naturally dominated by broadleaves (2000–2008; Project University Freiburg, Germany and EFI Joensuu, Finland; J. Kulhavý)
Trvale udržitelné hospodaření v lesích a v krajině, od koncepce k realizaci (1999–2004; MSM 4341 00005; J. Kulhavý)
Recognition – Relationships between recent changes of growth and nutrition of Norway spruce, Scots pine and European beech forests in Europe (1999–2002; EFI Joensuu, Finland; J. Kulhavý, E. Klimo)
Identifikace stresu a jeho odezvy v lesních ekosystémech (1996–2000; MSMT VS 96077; E. Klimo, J. Kulhavý)