Effects of rewilding in forests and agricultural lands on carbon sequestration and diversity (2024-2027; HORIZON (WILDCARD) – RIA 101081177)
Role disturbančního režimu pro hydrologii a biokomplexitu lesů Šumavy (2024-2026; Smlouva NP Šumava / Národní plán obnovy - Podpora obnovy přirozených funkcí krajiny, podprogram: 115V3420)
Biologický výzkum a monitoring na úrovni krajiny ČR - zajištění odborné podpory pro činnost resortu životního prostředí, okruh F - Dynamika vývoje a změny biodiverzity přirozených lesů (2023–2027; MŽP 170368 pokr.)
Centrum pro krajinnou diverzitu (DivLand). Program SS - Program aplikovaného výzkumu, experimentálního vývoje a inovací v oblasti životního prostředí - Prostředí pro život. Podprogram 3 - Dlouhodobé environmentální a klimatické perspektivy, WG B. Lesní ekosystémy (2021-2026; TA ČR PPŽ3-SS02030018)
Databáze letokruhových chronologií jako nástroj pro evidenci a predikci reakce hlavních lesních dřevin na klimatickou změnu (2021-2024; TA ČR PPŽ1-SS0310134)
Herwart III. - Role extrémních disturbancí v dynamice přírodě blízkých a pralesovitých porostů v NPR Boubínský prales (2021-2023; Správa NP Šumava)
Herwart II. - Role extrémních disturbancí v dynamice přírodě blízkých a pralesovitých porostů v NPR Boubínský prales (2020-2021; Správa NP Šumava)
Mystérium biogenního půdního krípu: biogeomorfologická úloha stromů v temperátních a tropických lesích a ekologické souvislosti (2019-2021; GA ČR P504/19-09427S)
Biologický výzkum a monitoring na úrovni krajiny ČR - zajištění odborné podpory pro činnost resortu životního prostředí, okruh F - Dynamika vývoje a změny biodiverzity přirozených lesů (2018–2022; MŽP 170368)
Herwart I. - Role extrémních disturbancí v dynamice přírodě blízkých a pralesovitých porostů v NPR Boubínský prales (2018-2020; Správa NP Šumava)
Ekosystémové inženýrství a komplexita půd v přirozených temperátních lesích (2016–2018; GA ČR P504/16-15319S)
Komplexní analýza biologické hodnoty přírodě blízkých lesních porostů v CHKO Šumava ve správě LČR, s. p. a návrh jejich multifunkčního obhospodařování (2016–2018; 6 / 2016)
Monitoring přirozených lesů ČR (2015–2016; Norské fondy EHP-CZ02-OV-1-021-2014)
Dynamika rozkladu tlejícího dřeva v přirozených temperátních lesích (2013–2017; GA ČR P504/13-27454S)
Dynamika šíření kůrovcovitých v přirozeně disturbovaném smíšeném temperátním lese na různých prostorových škálách (2012–2015; NAZV K3.1.3.)
Dynamika smíšených temperátních lesů – sjednocování a objektivizace konceptuálních přístupů (2012–2015; AMVIS/KONTAKT II – LH12038)
Empirické odvození růstové odezvy dřevin středoevropského temperátního lesa na disturbanční událost (2012–2014; GA ČR P504/12/P900)
Dynamika prostorového uspořádání stromů v přírodě blízkých temperátních lesích (2011–2014; GA ČR P504/11/2031)
Rekonstrukce režimu přirozených disturbancí v horských smrkových pralesích (2010–2014; GA ČR P504/10/1644)
Nový pohled na dynamiku přirozených temperátních lesů – propojení dosavadních přístupů (2010–2013; GAČR P504/10/2018)
Koloběh dendromasy v přirozených lesích České republiky v závislosti na čase a stanovištních podmínkách (2008–2010; VaV SP/2d2/138/08)
Výzkum zdrojů a indikátorů biodiverzity v kulturní krajině v kontextu dynamiky její fragmentace (2005–2011; MSM 6293359101)
Monitoring dynamiky vývoje v přirozených lesích ponechaných samovolnému vývoji; zpracování metodiky výběru území se společenstvy určenými k ponechání působení převážně přírodních sil, návrh metod a postupů péče o tato území (2005–2008; VaV SM/6/153/05)
Protected forest areas in Europe – Analysis and Harmonisation (PROFOR) (2002–2006; COST E-27)
Výzkum dynamiky vývoje pralesovitých ekosystémů v ČR (2002–2004; GAČR 526/02/0025)
Výzkum a shromáždění poznatků o rozšíření a stavu přírodních lesů v ČR (2002–2004; VaV 610/6/02)
Analýza lesních ekosystémů v soustavě stávajících maloplošných zvláště chráněných území s cílem optimalizace této soustavy (1999–2001; VaV 610/01/99-1.2)
Forest Reserve Research Network (1997–2000; COST E-4)
Sledování dynamiky vývoje pralesovitých rezervací v ČR (1996–1998; VaV 610/1/1996)